La glucosamine provient généralement de coquilles dures de mollusques et crustacés. Les personnes allergiques aux mollusques et crustacés peuvent craindre une réaction allergique possible à la glucosamine. Très peu de cas de réactions allergiques ont été déclarés, probablement parce que les allergènes aux mollusques et crustacés sont dans la chair et non dans la coquille, et le processus d’extraction retire toute chair résiduelle.